实验室空调系统必须满足实验室研究要求。除对温度、湿度需严格控制外，需要足够的通风量处理烟尘、异味、空气中污物，满足排风设备通风以及实验室内热负荷要求。空调系统必须充分考虑系统的可靠性并考虑富余量。不同性质区域需保证不同的相对压力，并要根据相关标准考虑节能。实验室空调系统设计除了常规空调需要考虑的因素外，还需要结合实验室特点，综合分析各种因素后，选择合适的空调系统。
实验室必须保持一定的温度梯度和气流状况，通常情况下，实验室相对于走廊以及非实验室区保持负压，气流从低危区流向高危区，整栋建筑相对于外界必须保证正压以防止有害的未经过过滤处理的气体渗入。
走廊的送风需考虑到对实验室的补风以及整栋建筑的正压要求。在建筑平面布局合理的前提下，充分考虑送风口、回风口以及排风口的位置，送回排风量的匹配，建立房间之间合理的压力梯度，保证空气有序流动，防止交叉感染。在实验室的设计中不仅要考虑气流的流向，还要考虑流量、不同洁净等级或不同功能房间的压差，通常为5-10pa，生物安全实验室相邻不同功能房间压差通常为10-15pa，要充分考虑人流、物流的路线，最大限度的减少室内的回流和涡流，避免污染物扩散到室内，危害人员和环境的安全。特别要注意排毒柜对室内气流组织的影响，在实验室排毒柜、生物安全柜附近的区域应尽量避免紊流的出现，紊流在罩边的影响远比在罩前的影响大。
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